Bu test sırasında doktorunuz ince, yumuşak, ucunda ışık ve küçük bir video kamera olan tüp yardımı ile anüsten girip tüm kolon ve rektumunuzun iç yüzeyini izleyerek değerlendirir. Gerektiğinde kolonoskopinin içinden girilen özel cihazlar ile biyopsiler alınabilir ya da gerektiğinde şüpheli görülen polip gibi yapılar çıkarılabilir. Kolonoskopi poliklinik şartlarında yapılabilen bir işlemdir.
Herhangi bir tarama testi sırasında kolorektal kanser için şüpheli bir lezyon bulunduğunda kolonoskopi ile buradan biyopsi yapılır. Biyopsi işleminde özel bir cihazla şüpheli görünen bölgeden küçük bir doku örneği alınır. Daha nadiren tanı koymak amacı ile kolonun bir kısmının cerrahi olarak çıkarılması gerekebilir.